Changes between Version 6 and Version 7 of ProteinComplexInventory


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Sep 30, 2014, 12:16:12 PM (6 years ago)
Author:
vw253
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  • ProteinComplexInventory

    v6 v7  
    33From Oliver:0 (or a machine with MySql)
    44 
     5create_GO_complexes_list/
    56 cat generate_complexes.sql | mysql -A --host=mysql-amigo.ebi.ac.uk  -u go_select -P 4085 --password=amigo go_latest >GO_complexes
    67
     
    3435more GO_complexes_one | sort |uniq >GO_complexes_uniq
    3536
    36 Remove complexes which are more specifically annotated or greouping terms
     37Remove complexes which are more specifically annotated or grouping terms
    3738
    3839create_GO_complexes_list$ cat GO_complexes_uniq  | grep -v GO:0005761 | grep -v GO:0031248 | grep -v GO:0031248 | grep -v GO:0034708 | grep -v GO:0043601 | grep -v GO:0055029 | grep -v GO:0005871 | grep -v GO:0005875 | grep -v GO:0008012 | grep -v GO:0017053 | grep -v GO:31248 | grep -v GO:0008012 | grep -v GO:0005874 | grep -v GO:0033202 | grep -v GO:0005667 | grep -v GO:0016585 | grep -v GO:0000123 | grep -v GO:0000118 | grep -v GO:0000152 | grep -v GO:0031461 | grep -v GO:0008287 | grep -v GO:0030530 | grep -v GO:0000445 | grep -v GO:0042788 |grep -v GO:0005844 | grep -v GO:0035770 |grep -v GO:0016471| grep -v GO:0000782| grep -v GO:0000777  | grep -v "GO:0043234" | grep -v GO:0032991 | grep -v "GO:0030529" | grep -v "GO:0000178" | grep -v "GO:0000313" | grep -v GO:0000151 | grep -v GO:0000314  | grep -v GO:0000315 | grep -v  GO:0000776| grep -v GO:0005840 | grep -v GO:0015934  | grep -v GO:0015935 | grep -v  GO:0016459 | grep -v GO:0016469 | grep -v GO:0030117 | grep -v GO:0030120| grep -v GO0030532 | grep -v GO:0030681 | grep -v GO:0031414 | grep -v GO:0032993 | grep -v GO:0033177 | grep -v GO:0033178 | grep -v GO:0034702 | grep -v GO:0043235 | grep -v GO:0044391  | grep -v GO:0045259 | grep -v GO:0045263  | grep -v GO:0045271 | grep -v GO:0045274| grep -v GO:0045282 | grep -v GO:0046930 | grep -v GO:0070461 |grep -v GO:1990351 | grep -v GO:1990391 | grep -v GO:1990234 | grep -v GO:1990204 | grep -v GO:1902911 |grep -v GO:1990104 | grep -v GO:0005677 | grep -v GO:1902494 | grep -v GO:0005732 | grep -v GO:0000796 | grep -v GO:0000796 | grep -v GO:0000796 | grep -v GO:0005721 | grep -v GO:0008278 | grep -v GO:0030532| grep -v GO:0070069 | grep -v GO:1902495 | grep -v GO:1902554 | grep -v  GO:0044798 | grep -v GO:0031618 | grep -v GO:0000775 | grep -v GO:0044798  cat GO_complexes_uniq  | grep -v GO:0005761 | grep -v GO:0031248 | grep -v GO:0031248 | grep -v GO:0034708 | grep -v GO:0043601 | grep -v GO:0055029 | grep -v GO:0005871 | grep -v GO:0005875 | grep -v GO:0008012 | grep -v GO:0017053 | grep -v GO:31248 | grep -v GO:0008012 | grep -v GO:0005874 | grep -v GO:0033202 | grep -v GO:0005667 | grep -v GO:0016585 | grep -v GO:0000123 | grep -v GO:0000118 | grep -v GO:0000152 | grep -v GO:0031461 | grep -v GO:0008287 | grep -v GO:0030530 | grep -v GO:0000445 | grep -v GO:0042788 |grep -v GO:0005844 | grep -v GO:0035770 |grep -v GO:0016471| grep -v GO:0000782| grep -v GO:0000777  | grep -v "GO:0043234" | grep -v GO:0032991 | grep -v "GO:0030529" | grep -v "GO:0000178" | grep -v "GO:0000313" | grep -v GO:0000151 | grep -v GO:0000314  | grep -v GO:0000315 | grep -v  GO:0000776| grep -v GO:0005840 | grep -v GO:0015934  | grep -v GO:0015935 | grep -v  GO:0016459 | grep -v GO:0016469 | grep -v GO:0030117 | grep -v GO:0030120| grep -v GO0030532 | grep -v GO:0030681 | grep -v GO:0031414 | grep -v GO:0032993 | grep -v GO:0033177 | grep -v GO:0033178 | grep -v GO:0034702 | grep -v GO:0043235 | grep -v GO:0044391  | grep -v GO:0045259 | grep -v GO:0045263  | grep -v GO:0045271 | grep -v GO:0045274| grep -v GO:0045282 | grep -v GO:0046930 | grep -v GO:0070461 |grep -v GO:1990351 | grep -v GO:1990391 | grep -v GO:1990234 | grep -v GO:1990204 | grep -v GO:1902911 |grep -v GO:1990104 | grep -v GO:0005677 | grep -v GO:1902494 | grep -v GO:0005732 | grep -v GO:0000796 | grep -v GO:0000796 | grep -v GO:0000796 | grep -v GO:0005721 | grep -v GO:0008278 | grep -v GO:0030532| grep -v GO:0070069 | grep -v GO:1902495 | grep -v GO:1902554 | grep -v  GO:0044798 | grep -v GO:0031618 | grep -v GO:0000775 | grep -v GO:0044798  |grep-v GO:0000502